Allora, per quanto riguarda il software di notazione c'è musescore che è free ed è per tutte le piattaforme:
http://musescore.org/Se non ricordo male dovrebbe avere già dei template pronti per particolari esigenze (pentagramma per pianoforte, per orchestra, per quartetto, etc.)
Altrimenti, qui dovrebbe esserci qualcosa:
http://freeblanksheetmusic.org/Per quanto riguarda la conversione da file audio a midi ... beh qualcosina forse esiste, ma non credo sia ancora possibile avere un file midi completo partendo da un wave ... sarebbe troppo bello e forse anche un po fantascientifico ....